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| プローブ | 半減期 | 特徴 | 製品コード |
|---|---|---|---|
| NMIA | 430 sec. | SHAPE試薬として広く用いられている化合物の一つ。細胞内RNAの修飾には不適です1)。 | M0743 |
| 1M7 | 14 sec. | SHAPE試薬として広く用いられている化合物の一つ。ヌクレオチドバイアスが低いです。他のSHAPE試薬と比較してin vivoよりもin vitroでの使用に優位である傾向があります2,3,4)。 | M3578 |
| 1M6 | 31 sec. | 1M7と同様に汎用性が高く、cell freeでのアッセイに適します。NMIAよりも迅速な反応性を有します5)。 | M3589 |
| 5NIA | ~100 sec. | 生細胞内のRNAの標識に適します3)。 | N1245 |
| NAI | 33 min. | 半減期が長く、溶解性が高いなど、生細胞内のRNAの標識に適した特性を有します。ヌクレオチドバイアスが他の化合物と比べて高いです4,6)。 | |
| FAI | 73 min. | 半減期が長く、溶解性が高いなど、生細胞内のRNAの標識に適した特性を有します。DTTなどのクエンチャーと用いることでより正確なアシル化の制御が可能です4,6,7)。 | |
| NAI-N3 | 33 min. | 銅フリーのクリック反応を利用したIn Vivo Click SHAPE (icSHAPE)により、バックグラウンドの抑制と修飾されたRNAの選択的精製が可能です8)。 | |
| NPIA | 5.9 min. | NMIAのN-メチル基がN-(2-オキソプロピル)基に置き換えられた構造の化合物。ビオチン-ヒドラジドと反応させることでバックグラウンドの抑制と修飾されたRNAの選択的精製が可能です9)。 | |
| 2A3 | 260 min. | 生細胞のRNA構造予測においてNAIより優れているという報告があります10)。 | |
| BzCN | 0.25 sec. | 反応速度が早く、加水分解により急速に不活性化されるため、秒単位でRNAフォールディングを追跡するために有用です11)。 | B0835 |
| 略称 NMIA: N-Methylisatoic Anhydride; 1M7: 1-Methyl-7-nitroisatoic Anhydride; 1M6: 1-Methyl-6-nitroisatoic Anhydride; 5NIA: 5-Nitroisatoic Anhydride; NAI: 2-Methylnicotinic Acid Imidazolide, FAI: 2-Methyl-3-furoic Acid Imidazolide; NPIA: N-(2-Oxopropyl)isatoic Anhydride; 2A3: 2-Aminopyridine-3-carboxylic Acid Imidazolide, BzCN: Benzoyl Cyanide |
